混合診療は『自由診療（保険外診療）』と『保険診療』を混合して別々に計算できるようにすることだが、混合診療の解禁は『先進医療・新薬の許認可のスピード抑制』や『自由診療をカバーできる民間保険会社の市場拡大』の影響も織り込まれている。
大半の国民には直接の影響はない（一般的な医療行為は保険適応のままなので）が、『経済力による先端医療の格差』をどう捉えるかによって混合診療の見方は変わるだろう。混合診療を認めなければ金持ちでなければ先進医療・新薬利用の持続が経済的に難しいが、認めれば先進医療・新薬を利用できる人のボリュームは拡大する。
現時点でも、本当にお金がなければ『保険診療の費用』も支払えない人や健康保険を失う人（資格証明書が発行される人）がいるので、『経済力による医療の格差』はないわけではない。混合診療による格差の問題は、結局『混合診療ができるなら早く保険診療を許認可すべき』という価値観とセットであり、高い自由診療のお金を支払っているものに、『効果がない無意味な治療（薬）・逆に有害な治療（薬）』があるわけがないという素朴な考え方がある。
厚生労働省としては海外で認可されている治療法・薬でも、日本の臨床試験や日本人の体質・病態に適合するものか分からないから安易に迅速な許認可はできないという立場を取る。
あるいは、全額自己負担の自由診療には、科学的根拠が殆ど確認されていない『個人の医者独自の治療理論（経験則）に基づく治療』や『代替療法・民間療法・自然療法のような近代西洋医学の範疇に入らない治療』もあることから、自由診療のすべてを保険診療として迅速に認可することは当然できない。
海外で相当な治療実績と有効性のデータが積み重ねられている先進医療・新薬について、日本は『外国とは別に日本国内での追加的治験』を要求するハードルの高さがあるが、外国では『海外の治験の流用による認可』ができる規制緩和をしている所もある。ただ薬害・副作用のリスクもあるので流用可能が良いとは一概に言えない。
混合診療は『経済力による医療格差の問題』であると同時に、『国がお墨付きを与えるまでにいたらない新しい治療法・薬をどう扱うかという問題』でもある。混合診療解禁の長期の影響では、『新規治療法の増大』で『保険適応されない治療法』も増え、そこに民間保険会社の新たな市場が政策的に作られる可能性はあるかも。
社会保険・国民健康保険といった『公的な健康保険書1枚』だけで、他の人たちと同じレベルのオールマイティな医療が受けられるという制度的な保障がなくなるという変化が混合診療にはあるが、『現状レベルの一般的な疾患に対応できる医療』は守られるだろう。保険診療で効果がない病気治療の選択肢・負担額をどう捉えるか。