STAP細胞（Stimulus-Triggered Acquisition of Pluripotency cells：刺激惹起性多能性獲得細胞）は、その作製方法と多能化が実証されれば、細胞生物学の既存の前提を覆して、iPS細胞よりも作製効率が良く応用範囲の広い万能細胞につながる世紀の発見となる。

だが、『Nature』掲載後に、他の科学者が同じ手順で実施した追試では、STAP細胞の作製に成功する実証事例がまだでていない。そのことから、STAP細胞の実在を疑う声が出始め、論文に掲載されたSTAP細胞の分化の瞬間の写真が、過去の小保方氏の博士論文に使われていた写真の使い回しだったことも明らかとなった。

過去に書かれた論文についても、写真の使い回しについては、ハーバード大の共同研究者であるチャールズ・バカンティ氏は、注意不足による単純ミスで研究の結果そのものに影響はないと自己弁護したが、その後も『過去の写真』に変わるべき『現在のSTAP細胞の分化の写真』は再提示はされていない。

共同研究者の若山照彦氏（山梨大学）が『小保方氏のいない実験室ではSTAP細胞の作製が一度も再現できない（細かな作製手順のコツの指導は小保方氏から十分に受けている）・STAP細胞の存在に確信が持てなくなったため論文の撤回をすべきではないか』といった自らの研究結果に対する自信を喪失したような発言をしだしたことから、STAP細胞作製の研究計画そのものの杜撰さや結果の確認の不手際（本当にSTAP細胞へと変質したのかの確認の不十分さ）、科学論文の構成・証拠の不備が強調される形となった。

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